Se anche voi ad ogni virtual host fate un file di configurazione di Awstats denominato awstats.nomesito.tld.conf questo script in bash vi potrebbe tornare comodo per aggiornare in una sola volta tutte le statistiche:
#!/bin/bash
for cfg in `find /etc/awstats -name 'awstats.*.conf' -printf '%f\n' | sed 's/^awstats\.\(.*\)\.conf/\1/'`; do
/usr/lib/cgi-bin/awstats.pl -config=$cfg -update >/dev/null
done